明朝萬歷天啟年間，倭寇作亂，宦官專權，百姓涂炭。江湖上出現一位女神捕十三娘，她率領一彪人馬抓巨盜，懲大奸，偵疑案，平冤獄，破獲了一起起撲朔迷離的驚天大案，演繹了一曲曲可歌可泣的人間傳奇。她，十三娘，名捕之女，花容月貌兼忠肝義膽，精擅追攝跟蹤之術，一條長鞭矯如龍翔；他，王大友，名冠天下的絕世盜王，疏懶無賴卻古道熱腸，輕功蓋世，易容術改天換地；她，宋君瑜，名醫之后，美艷嬌弱蘭心蕙質，家學淵博，醫術高超；他，狄無邪，督察院第一神捕，心熱如火卻眼冷如冰，一柄扇劍獨步天下，常常在危急關頭獨臂擎天……日本流入價值連城的玉佛掌引出一段驚世謀殺大案。殺手封百川奉海盜之命，欲在朝延祭天盛典時刺殺名將李元帥。十三娘協同狄無邪、王大友和神醫之女宋君瑜如何制止這場謀殺，挽狂瀾于即倒呢……窮秀才冒充知縣達數年之久，只因為這是一個天高皇帝遠的小縣。奇案突發，耳背之人聽到死者的尖叫，夜盲之人看到有人越墻逃走，一個跛子逃脫捕快追捕。十三娘等為查真相深陷囹圄，救助他們的居然是……朝延忠邪紛爭。兵部尚書欲勾結倭寇殘害忠良，陰謀詭計天衣無縫。兵部尚書蕭大亨、司禮監王公公、左督御史溫純、兵部左侍郎朱紉究竟誰忠誰奸，狄無邪不惜欺騙十三娘、毅然背負罵名，上演一出臥底好戲。一段久遠的殺父之仇，一條漫長的復仇之路，一起連環殺戮的奇案，一個弱女子對黑暗的反擊。當十三娘層層剖析，查明事實真相之時，弱女子葉子卿卻在轟然巨響中與仇人們同歸于盡。